Organista, clavicembalista e musicologo, Edoardo Bellotti è conosciuto come specialista del repertorio rinascimentale e barocco per tastiera, e in particolare dell'improvvisazione.
All'attività concertistica, che lo ha portato ad esibirsi in Europa, Stati Uniti, Canada, Giappone e Corea, affianca la ricerca musicologica, con la pubblicazione di saggi ed edizioni critiche di composizioni dei secoli XVII-XVIII. Tiene seminari, corsi e conferenze presso istituzioni musicali ed universitarie in tutto il mondo ed è spesso chiamato a far parte di giurie in concorsi internazionali.
Numerose ed apprezzate sono le sue incisioni discografiche su strumenti storici.
Insegna Organo e Improvvisazione presso le Università di Brema e di Trossingen (Germania), ed è direttore artistico dell'Accademia Internazionale di Improvvisazione di Smarano (Italia).